Vétérinaires Sans Frontières agit exclusivement en Afrique et assure des missions au Soudan, au Kenya, en Ouganda, au Rwanda, en RD Congo, au Mali, au Niger et au Burkina Faso.
Au Soudan, Vétérinaires Sans Frontières assure les vaccinations, met en place des réseaux vétérinaires et apprend aux petits éleveurs à gérer leur commerce. Vétérinaires Sans Frontières contribue ainsi à garantir à de nombreuses communautés et villages une alimentation suffisante et à relancer l'économie d'un pays ravagé par la guerre civile.
Au Kenya, Vétérinaires Sans Frontières vient surtout en aide aux populations nomades du Turkana, la région la plus aride du pays, avec des formations sur l'hygiène et la santé des animaux, en organisant des marchés de bestiaux adaptés, en valorisant des nappes d'eau souterraines et en encourageant la prévention de conflits.
En Ouganda, Vétérinaires Sans Frontières soutient le développement des infrastructures d'approvisionnement en eau, la sauvegarde des sols, la santé des animaux d'élevage et la production, la garantie de revenus et l'augmentation des capacités pour les communautés d'éleveurs de la région de Moroto.
Le Mali est l'un des pays les plus pauvres au monde. Il est primordial d'y assurer la formation des paysans et de leur fournir des médicaments pour le bétail afin d'augmenter les chances de survie de la population (surtout les enfants) et de mettre en place un économie locale paysanne autonome et viable.
Au Niger, l'élevage joue un rôle socio-économique essentiel, surtout pour les familles plus vulnérables des régions isolées. Vétérinaires Sans Frontières vise à améliorer l'état de santé des bêtes et à améliorer leur alimentation, surtout durant les périodes de sécheresse. La création d'un service vétérinaire de proximité, la formation des formateurs qui à leur tour formeront les éleveurs locaux, le renforcement des associations...tout ceci contribue à la mise en place d'une société plus vivable et plus durable.
Au Burkina Faso, Vétérinaires Sans Frontières gère un vaste projet, étalé sur 10 années. Celui-ci comprend le recrutement et la formation d'associations locales, la mise en place de réseaux d'approvisionnement en eau et en médicaments, l'organisation de formations à l'exploitation et au commerce de bétail. Dans ce pays très désertique, Vétérinaires Sans Frontières s'est fixé pour défi de mettre en place des exploitations de bétail rentables, capables de fonctionnement en toute autonomie dès la fin du projet.
Au Rwanda, l'un des pays africains les plus densément peuplés, la formation de technciens vétérinaires et la mise en place de réseaux sont capitales. Les pays est la proie de nombreuses maladies. Vétérinaires Sans Frontières y travaille avec l'école Agri-Vétérinaire de Kabutare pour améliorer la qualité de l'enseignement en tenant compte des besoins réels du terrain.
En République Démocratique du Congo, Vétérinaires Sans Frontières développe un projet d'élevage dont le but est d'accroître la sécurité alimentaire et les revenus des populations vulnérables des territoires de Lubero et Beni (Nord-Kivu).